Sayang pada tanggal 18 Juli 1997 ia tewas dalam sebuah kecelakaan mobil di Alice Springs, Australia.
Mayatnya kemudian di kremasi dan abunya disimpan dalam sebuah tabung guci oleh keluarganya.
2 tahun setelah kematian Eugene, seorang ilmuwan planet dari The University of Arizona di Tucson bernama Carolyn C. Porco yang sekaligus murid didik Eugene saat masih berkuliah dulu mengusulkan sesuatu.
(BACA JUGA: Gara-gara Ikan, Wanita Ini Mendapat Perlakukan Tidak Senonoh Sampai Dicambuk, Ternyata Begini Alasannya)
Ia mengusulkan kepada NASA bahwa abu Eugene Shoemaker alangkah baiknya di sebar di bulan sebagai bentuk penghormatan pada ilmuwan besar itu.
Maka pada tanggal 31 Juli 1999 abu Eugene Shoemaker dibawa ke bulan oleh roket Lunar Prospector yang sekaligus melakukan misi luar angkasa ke bulan yang dilakukan oleh NASA.
Abunya lantas di sebar di bulan dan Eugene Shoemaker menjadi satu-satunya orang yang dikuburkan di bulan dan luar angkasa.
Bukan hanya itu namanya pun juga diabadikan dengan menamai salah satu Komet yang melintas di bum, komet itu diberi nama Comet Shoemaker–Levy 9.
(*)