Pada tahun 1986, masjid harus dihancurkan karena kerusakan struktural yang parah.
Di bawah arahan dan dukungan Diyanet İşleri Başkanlığı, sebuah bangunan baru dimulai pada tahun 1998.
Baca Juga : Vina Panduwinata Merilis Album Baru di Konser Dua Anak Manusia
Arsitek untuk bangunan tersebut adalah Muharrem Hilmi Senalp. Ornamen didasarkan pada arsitektur religius Ottoman.
Sekitar 70 pengrajin Turki melakukan perincian finishing, dan sejumlah besar marmer diimpor dari Turki.
Konstruksi selesai pada tahun 2000 dengan biaya sekitar 1,5 miliar yen (saat itu). Peresmian penggunaan diadakan pada tanggal 30 Juni 2000.
Tokyo Camii memiliki luas 734 meter persegi dan memiliki satu lantai basement dan tiga lantai di atas tanah dengan total luas lantai 1.477 meter persegi.
Kubah utamanya setinggi 23,25 meter dan didukung oleh enam pilar, sedangkan menara yang berdekatan tingginya 41,48 meter.
(*)