Pada bulan Desember 2006 ia pernah dibacok seseorang ketika memimpin demonstrasi.
Kepolisian Resor (Polres) Salatiga menunjukkan kalau sang Syekh juga pernah dilaporkan ke polisi pada bulan September 1998, sewaktu ia menjadi kepala desa Bedono.
Pasalnya ia menggundul paksa sejumlah karyawan/karyawati perusahaan yang dipimpinnya.
Masih dari wikipedia, pernyataannya menikahi anak di bawah umur menimbulkan banyak komentar di media karena dengan tindakannya itu ia dapat dianggap melanggar UU Perkawinan dan UU Perlindungan Anak.
Atas tindakannya itu, Ketua Komnas Perlindungan Anak, Seto Mulyadi, bertemu dengannya pada tanggal 28 Oktober 2008.
Baca Juga: Anak Dede Sunandar Idap Penyakit Langka, Harus Jalani Operasi Hingga Usia 23 Tahun!
Seusai pertemuan, Seto Mulyadi menyatakan bahwa Syekh Puji bersedia membatalkan perkawinannya.
Dalam kenyataannya, ternyata Syekh Puji tidak membatalkan perkawinannya, dengan alasan perkawinan ini disetujui oleh orang tua istri mudanya.
Akibatnya, polisi mengembangkan kasus ini dan Syekh Puji dianggap melanggar UU Perlindungan Anak.
Sejak pertengahan Maret 2009 ia dinyatakan oleh polisi sebagai tersangka.
Syekh Pujiono tercatat sebagai calon bupati Semarang terkaya tahun 2005 dengan kekayaan sebesar Rp 70,6 Miliar.