Beliau kemudian memangku jabatan sebagai Presiden Republik Indonesia selama 9 Bulan dari tanggal 27 Desember 1949 sampai 15 Agustus 1950.
(BACA: Probosutedjo Ungkap Kisah Rahasia Pernikahan Kakak Kandungnya, Presiden Soeharto)
Hal ini karena Mr.Assaat secara konstitusi adalah ketua Badan Pekerja Komite Nasional Indonesia Pusat (BP – KNIP) yang pada masa pemerintahan RI dan sebelum bergabung ke dalam RIS masih dipegang oleh Ir. Soekarno.
Perubahan negara dari Republik menjadi Serikat menyebabkan kekosongan dalam tampuk kepemipinan di Negara Bagian Republik Indonesia (bagian dari RIS) yang dulunya di pegang Bung Karno dan Bung Hatta.
Maka Mr.Assaat lah yang menggantikan posisi keduanya menjadi Presiden RI karena Bung Karno ditunjuk sebagai Presiden RIS dan Bung Hatta sebagai Perdana Menteri RIS.
Masa jabatan beliau berakhir ketika tanggal 17 Agustus 1950 para pemimpin RIS memutuskan kembali ke dalam bentuk Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI) sampai sekarang. (*)