Agus disebut sebagai jenderal pemikir yang melampaui zamannya.
“Pemikiran Agus terlalu ke depan soal teritorial,” kata Luhut. Pernyataan hampir sama disampaikan oleh Tulus Sihombing.
Di luar dinas militer, Agus pernah bergabung di berbagai institusi negara dan lembaga swadaya masyarakat.
Dia, misalnya, sempat menjadi anggota Komisi Kebenaran dan Persahabatan (KKP) RI-Timor Leste yang menangani dugaan pelanggaran HAM Indonesia di Timor Timur.
Kendati ayahnya menjadi korban Tragedi 1965, dia terlibat dalam forum yang mempertemukan kelompok-kelompok yang berkonflik.
Agus Widjojo adalah salah satu pendiri dan selanjutnya jadi penasihat Forum Silaturahmi Anak Bangsa.
Forum yang didirikan pada 2003 ini mempertemukan anak-anak korban konflik politik di seluruh Tanah Air.
Mulai dari Tragedi 1965, DI/TII, Orde Baru dan Orde Lama, dan lainlain.
Agus juga menjadi penggagas sekaligus Ketua Panitia Pengarah Simposium Nasional membedah Tragedi 1965 dari pendekatan sejarah yang diadakan melalui Kemenkopolhukam pada 2016.
Di pemerintahan, Agus pernah menjadi Deputi Kepala Unit Kerja Presiden Pengelolaan Program dan Reformasi (UKP3R) di periode pertama pemerintahan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono.
Kepala UKP3R adalah Marsillam Simanjuntak.