Pada tahun-tahun berikutnya, muncul konflik antara pendukung kemerdekaan Timor Leste dan pemerintah Indonesia serta pendukung integrasi Timtim.
Sampai pada tahun 1991, terjadi pembantaian Santa Cruz.
Ketika itu, tentara Indonesia melepaskan tembakan ke 4 ribu pelayat pro-kemerdekaan di sebuah pemakaman yang sedang mengubur seorang siswa muda yang dibunuh oleh tentara.
Seorang jurnalis foto Inggris memfilmkan peristiwa yang menyebabkan lebih dari 200 orang tewas.
Rekaman tersebut disiarkan di televisi di negara-negara Barat dan untuk pertama kalinya pemerintah Amerika Serikat mengutuk kekerasan di Indonesia.
Bekas provinsi ke-27 itu membuat Indonesia menjadi bulan-bulanan dunia internasional.
Banyak pihak yang menggunakan isu Timtim sebagai satu ajang mempermalukan bangsa Indonesia di percaturan internasional.
Tujuh bulan setelah BJ Habibie memegang tampuk kekuasaan, tepatnya 19 Desember 1998, Perdana Menteri Australia John Howard mengirim surat.
Dalam suratnya, John Howard mengusulkan BJ Habibie untuk meninjau ulang pelaksanaan referendum bagi rakyat Timtim.
Pada 30 Agustus 1999 dilaksanakan referendum dengan situasi yang relatif aman dan diikuti hampir seluruh warga Timtim.
Namun, satu hari setelah referendum dilaksanakan suasana menjadi tidak menentu, terjadi kerusuhan berbagai tempat.