Meski demikian, keduanya memiliki warna yang berbeda.
Tiwu Nuwa Muri Koo Fai yang konon memiliki kedalam 127 meter, memiliki warna hijau tosca.
Sedangkan Tiwu Ata Polo yang dalamnya 64 meter, memiliki warna hitam pekat.
Lalu terpisah dari kedua danau tersebut (Tiwu Ata Mbupu), warnanya hijau tosca dan bening.
Sampai dengan 2018, perubahan warna pada danau tersebut sudah sebanyak 100 kali.
Soal perubahan warna tersebut, disebut-sebut karena adanya factor alam berupa pengaruh vulkanik didalam danau tersebut dan juga terpaan sinar matahari .
Selain uniknya ketiga danau tersebut, pengunjung Taman Nasional Kelimutu juga bisa berburu sunrise.(*)